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“六五”至“九五”计划期间，国家教育发展研究中心承担了多项国家级重大或重点课题，加强了教育发展战略学科建设，许多研究成果已在国家和地方教育决策中发挥了重大作用，并多次荣获国家社科基金优秀成果奖和全国教育科学优秀成果奖。
“十五”计划（2001—2005年）期间，承担的国家级重点项目和教育部重点课题有：“构建学习型社会和终身学习体系的研究”、“西部大开发中的区域教育发展战略选择与公共教育政策调整研究”、“我国教育现代化的区域发展模式与实验研究”、“政府和高等教育投入制度改革研究”、“教育宏观决策的比较研究”、“中国城镇化进程中城乡教育结构体系转型模式研究”等，还有若干青年重点专项课题。
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